Директивата предвижда създаването на морски защитени територии, включително територии, които са вече определени или предстои да бъдат определени в съответствие с Директива 92/43/ЕИО на Съвета от 21 май 1992 г. за опазване на естествените местообитания и на дивата флора и фауна, Директива 79/409/ЕИО на Съвета от 2 април 1979 г. относно опазването на дивите птици и с международни или регионални споразумения, по които Европейската общност или съответните държави-членки са страни, е важен принос към постигането на добро състояние на околната среда съгласно настоящата директива (параграф 6 от Преамбюла).
Директивата предвижда прилагането на екосистемен подход към управлението на човешките дейности, като същевременно с това се дава възможност за устойчиво използване на морските продукти и услуги, следва да се отдава приоритетно значение на постигането или поддържането на добро състояние на околната среда в морската среда на Общността, на продължаването на нейната защита и съхранение, както и на предотвратяването на по-нататъшното ѝ влошаване (Параграф 8 от Преамбюла).
Крайбрежните води, включително тяхното морско дъно и геоложка основа, са неразделна част от морската среда са в обсега на директивата, доколкото определени аспекти от екологичното състояние на морската среда вече не са разгледани в Директива 2000/60/ЕО на Европейския парламент и на Съвета от 23 октомври 2000 г. за установяване на рамка за действията на Общността в областта на политиката за водите или в други законодателни актове на Общността, за да се гарантира взаимно допълване, като същевременно се избягва ненужно припокриване (параграф 12 от Преамбюла).
Директивата определя „замърсяване“ като пряко или непряко въвеждане в морската среда, като резултат от човешки дейности, на вещества или енергия, в това число предизвикан от човека морски подводен шум, което причинява или може да причини вредни последствия, като увреждане на живите ресурси и морските екосистеми, включително загуба на биологично разнообразие, опасност за здравето на човека, пречки за извършване на морски дейности, в това число риболов, туризъм и отдих, както и други законосъобразни начини за използване на морето, влошаване на качествата на морската вода и ограничаване на свързаните с това възможности за отдих, или общо казано, влошаване на възможностите за устойчиво използване на морските продукти и услуги (чл.3, т.8).
Директивата предвижда при разработването на морски стратегии да се прилага екосистемен подход при управлението на човешките дейности, като се гарантира, че общият натиск на тези дейности е в границите, съвместими с постигането на добро състояние на околната среда, и че не е застрашена способността на морските екосистеми да се справят с предизвиканите от човека промени, като в същото време позволяват устойчивото използване на морските продукти и услуги от сегашното и от бъдещите поколения.“ (чл.1, ал.3).
Директивата предвижда определяне на екологични цели въз основа на първоначалната оценка по отношение на всеки морски регион или подрегион, да се направи подробен набор от екологични цели и свързани с тях индикатори, които да насочват развитието към постигане на добро състояние на морската околната среда (чл.10, ал.1).
Разпоредбите на Директивата и транспониращия я акт – Наредбата за опазване на околната среда в морските води – са от особена важност за целите на проекта с прилагането на екосистемния подход при управление на човешките дейности и с поставянето на екологични цели и свързани с тях индикатори за постигане на добро състояние на морската околна среда.
