Директивата има за цел да допринесе за осигуряване биологичното разнообразие чрез запазване на естествените местообитания, както и на дивата фауна и флора върху европейската територия на държавите-членки. Мерките, взети в изпълнение на директива, имат за цел да запазят или възстановят благоприятното състояние на запазване на естествените местообитания и видовете диви животни и растения от интерес за Общността. Мерките вземат под внимание икономическите, социалните и културните изисквания, както и регионалните и местните особености. Директивата предвижда изграждане на единна европейска екологична мрежа на специалните защитени зони, наречена „Натура 2000“. Тази мрежа, състояща се от територии, обхващащи естествените местообитания от приложение I, както и местообитанията на видовете от приложение II към Директивата, дава възможност за запазването или където е подходящо, възстановяването на благоприятно състояние на запазване на тези типове естествени местообитания и местообитанията на видовете в техния естествен район на разпространение.